Die zweite Generation des von der BMW M GmbH entwickelten sequentiellen Schaltgetriebes kann wohl als die bekannteste und erfolgreichste angesehen werden. Das SMG II wurde in enger Kooperation mit Getrag und der ZF Sachs AG erschaffen und ausschließlich im E46 M3 verbaut. Auch das SMG II basiert auf dem normalen Schaltgetriebe der Baureihe, dem Getrag S6S420G. Die wahrscheinlich wichtigste Neuerung zum Vorgänger aus dem E36 M3 stellt die Einführung des Drive Logic Systems dar – einer intelligenten Steuerung, die die Schaltcharakteristik des Getriebes an jeden Fahrstil individuell anpasst. Im Sportprogramm ermöglicht das System Schaltzeiten von um die 80ms und damit einen Wert, der deutlich unter den langsamer schaltenden SMG-System der AG-Modelle liegt.
Auch anders als bei diesen Getrieben, sitzen beim SMG II die hydraulischen Komponenten verteilt im Motorraum, was die Wartung einiger Teile deutlich vereinfacht. Ebenso unterscheidet sich das System in der Bedienung: im Gegensatz zu den AG-Fahrzeugen befindet sich am Lenkrad des E46 M3 jeweils eine Schaltwippe zum Hoch- und eine Wippe zum Herunterschalten.
Der berühmte E46 M3 CSL wurde ausschließlich mit dem SMG II angeboten.